El regalismo episcopalista, auspiciado por el despotismo ilustrado del reinado de Carlos III (1759 - 1788), fue llevado a término en Valencia por los arzobispos Andrés Mayoral (1737 - 1769) y Francisco Fabián y Fuero (1773 - 1794). Ambos prelados mantuvieron una actitud crítica y revisionista que fue mucho más allá de los límites de la diócesis valentina, ya que otros obispos, formados en el seno de la curia valenciana, realizaron un papel semejante en otras tierras. Es el caso de Felipe Beltrán en Salamanca, de José Climent en Barcelona, de José Tormo en Orihuela y de Rafael Lasala en Solsona.

Al arzobispo Andrés Mayoral, con un episcopado de treinta y tres años, se debe el programa más vasto y fecundo de reforma de estructuras materiales y espirituales de la Iglesia valenciana, después del período de desgobierno protagonizado por los arzobispos "ausentes" Antonio Folch de Cardona (1700 - 1724) y Andrés de Orbe (1725 - 1737). El primero de ellos exiliado en Viena tras la guerra de Sucesión y el segundo ocupado en altos cargos en la corte en el Consejo de Castilla y en el Santo Oficio, que le impidieron residir de forma continuada en Valencia. La labor pastoral de Mayoral se centró en la instrucción pública. Fundó el Colegio Andresiano o de las Escuelas Pías, iniciado en 1737 e impulsado a partir de 1767 con la construcción de su imponente iglesia, obra de los arquitectos José Puchol y Antonio Gilabert. También fundó la Casa de Enseñanza y la Escuela de Educandas dedicadas a la formación de niñas y maestras. Creó la Biblioteca Andresiana con más de doce mil volúmenes procedentes del Palacio Arzobispal, de la Casa de los Jesuitas y de la Catedral; en el propio Palacio Arzobispal montó el Museo de Antigüedades cuyas piezas (lápidas, cerámicas, mosaicos y estatuas) procedían de excavaciones promovidas por la mitra en la villa romana de Montanyeret. Junto a este gabinete también creó un monetario, que fue enriquecido notablemente bajo el episcopado de Fabián y Fuero. La figura de Gregorio Mayans (1699 - 1781), cuya influencia fue decisiva en la renovación jansenista de la Iglesia, propugnaba una Ilustración cristiana frente a los resabios anticlericales provenientes del enciclopedismo. La fundación por Mayans de la Academia Valenciana supuso el renacimiento de estudios bíblicos y la aplicación de una nueva metodología crítica en la investigación histórica.

Goya. Despedida de San Francisco de Borja. Catedral de Valencia

De esa revisión enciclopédica surgen las figuras de fray José Teixidor, autor de las "Observaciones críticas a las antigüedades de Valencia" (1767); Juan Pahoner, autor de la "Recopilación de las especies sueltas perdidas", con numerosas noticias de la Catedral ordenadas alfabéticamente por materias; y en el campo de la historiografía literaria cabe destacar a Vicente Ximeno, beneficiado de la Catedral y autor de la obra "Escritores del Reino de Valencia".

Relacionados con este ambiente enciclopédico, aunque ya de la segunda generación ilustrada, son Antonio Ponz, Antonio José Cavanilles y Joaquín Lorenzo Villanueva, cuyas descripciones de sus "viajes" son fundamentales para el conocimiento del arte y la geografía del país.

En el episcopado de Fabián y Fuero se inició la reforma del plan de estudios de la Universidad. El primer intento de reforma se debe a Juan Antonio Mayans (1718 - 1801), canónigo de la catedral y hermano del erudito Gregorio, que fue elegido rector en 1765. Pero la reforma definitiva de debió al rector Vicente Blasco (1718 - 1813) de la Orden de Montesa, que contaba en la corte con el apoyo de Francisco Pérez Bayer. El plan mejoró notablemente la racionalización de la enseñanza creando infraestructuras universitarias como el Jardín Botánico, el Observatorio astronómico, el Gabinete de física experimental y el Laboratorio químico.