El 4 de diciembre de 1563 finalizaba el concilio de Trento y se abría una nueva etapa decisiva en la historia de la Iglesia. En 1565 se publican los mandatos tridentinos en una imprenta valenciana: Canones et Decreta Sacrosancti Oecumenici et generalis Concilii Tridentini. Durante esos años la Iglesia de Valencia estuvo gobernada por los arzobispos Martín de Ayala (1564 - 1566) y Fernando de Loaces (1567 - 1568). La fugacidad del gobierno de ambos contrasta con el episcopado del patriarca Juan de Ribera, que vino inmediatamente después, entre 1569 y 1611, durando su prelatura cuarenta y dos años. En ese dilatado período se desarrolló ampliamente en Valencia el espíritu de la Contrarreforma, en el que el patriarca Ribera llevó a cabo profundos cambios. En este sentido emprendió la reforma de la Universidad, y puso especial empeño en la observancia de los sacramentos, el culto a la Eucaristía, la formación y control del clero, las visitas pastorales y el control directo de las parroquias. En "Sínodos Provinciales" expuso sus designios pastorales. Entre 1602 - 1604 asumió el cargo de Virrey de Valencia, y aglutinó en su persona los honores de Capitán General y Presidente de la Audiencia. Dotó ochenta y tres conventos por toda la archidiócesis; impulsó la erección de multitud de parroquias; se empeñó inútilmente en la conversión de los moriscos, redactando un catecismo con tal objeto, para acabar gestionando su expulsión en 1609.

Zúccaro. El Purgatorio. Colegio de Corpus Christi, Valencia

Todo el rigor litúrgico, el decoro y piadoso orden que el arzobispo Ribera alentó con su actitud y celo, quedan reflejados en el Colegio de Corpus Christi por él fundado para la formación y la instrucción del clero y para la adoración constante de la Eucaristía.

La época del patriarca Ribera constituye uno de los períodos más apasionantes de la historia del arte valenciano, pues coincide con el final del manierismo y enlaza con el naturalismo barroco, en el que sobresalen artistas como Vicente Requena, Juan Sariñena, Francisco y Juan Ribalta, y Jerónimo Jacinto de Espinosa, cuya pintura se inspira en modelos reales para representar los pasajes sagrados con el lenguaje de lo verosímil y tangible.

La iconografía desarrollada en estos años refleja el espíritu devoto de la Contrarreforma donde la Eucaristía, la Virgen, los Santos y las reliquias son exaltados frente a la doctrina protestante y, del mismo modo, se potencian representaciones del purgatorio y las postrimerías. La capilla de Corpus Christi es un conjunto único en este sentido, pues a través de sus pinturas y de su mensaje sagrado se nos presenta como un sermón plástico de la doctrina de su tiempo. También los conventos valencianos participaron de ese afán doctrinal decorando sus claustros e iglesias con grandes lienzos barrocos referidos a la historia de la orden y sus fundadores, configurando el amplio capítulo de la pintura monástica en Valencia.

Una particularidad de la arquitectura religiosa valenciana en relación con el culto a la Eucaristía son los trasagrarios y capillas de Comunión, sobre todo estas últimas, que deben su justificación en Valencia a las disposiciones dadas por el arzobispo Isidoro Aliaga en el Sínodo Diocesano celebrado en 1631. En él se refiere concretamente a las "advertencias para los edificios y fábricas en los templos", señalando que la capilla del Santísimo "ha de ser labrada con particular adorno y hermosura".

J.J. Espinosa. ültima comunion de Magdalena Museo de Bellas Artes de Valencia

Barroca en su misma mentalidad colectiva, Valencia también vive con esplendor a lo largo del siglo XVII la fiesta pública y el espectáculo envuelto en celebraciones civiles y religiosas. La fiesta callejera dio cabida a montajes de arquitectura efímera, como arcos de triunfo, altares callejeros, pabellones, generando un capítulo de grandes ceremoniales con sentido popular. Estas construcciones se adornaban con jeroglíficos e imágenes, editándose folletos que explicaban su significación. Memorables son las fiestas por la beatificación de Santo Tomás de Villanueva (1619) y las de su canonización (1659), el Cuarto siglo de la conquista de Valencia (1638), la celebración del Breve de Alejandro VII sobre la Inmaculada Concepción (1662), la justa poética por el mismo Breve (1665), las honras fúnebres de Felipe IV (1665), la inauguración de la capilla de la Virgen de los Desamparados (1667), las canonizaciones de San Luis Beltrán y San Francisco de Borja (1661) y las honras fúnebres por la reina María Luisa de Orleans, primera esposa de Carlos II (1669).

El desarrollo de la fantasía decorativa de lo efímero afectó a la arquitectura perenne, que en relación con lo que se hacía en el resto de España encuentra en Valencia su paradigma en la figura del arquitecto Juan Pérez Castiel. Capítulo también importante en la arquitectura constituye la remodelación interior de iglesias góticas, que se revistieron con el festivo lenguaje del barroco para enmascarar su fábrica y decorar sus arcos, muros y pilastras con ornamentos de hojas, ramos, frutas y angelillos entrelazándose en sus adornos. Este tipo de decoración se adentró en el siglo XVIII y supuso la modernización de los templos de antigua fábrica. Un buen ejemplo de ello es la decoración barroca de la capilla mayor de la catedral, obra de Pérez Castiel. .